Сюжет:
Индонезийские террористы во главе с Сухади Садано захватили посольство США в столице Восточного Тимора — Дили. АНБ срочно вызывает Сэма Фишера и даёт задание — проникнуть в захваченное посольство. Сэма высаживают на побережие Дили. Дальше он должен пройти через деревню, при этом никого не убивая и не вызывая тревог. Сэм удачно с этим справляется и поподает в здание посольства, где впервые видит Сухади Садано.
Задание Фишера — допросить одного из заложников —Дугласа Шетланда. Сэм удачно справляется с этим заданием и получает компьютерные сведения на малоизученном местном языке. Чтобы перевести их, Сэм отправляется в другой конец посольства и показывает их переводчице Ингрид Карлтсон, которая работала в посольстве. И хотя абсолютной точности перевода достигнуть нельзя, несколько слов указывают на криогенные лаборатории "Солнье" в Париже. Сэм покидает территорию посольства, в то время, как спецподразделения США начинают штурм, и отправляется во Францию. Прибыв на место, он обнаруживает, что в лаборатории стремительно заметают следы своего пребывания террористы во главе с загадочным "Жертвенным Пингвином". В ходе расследования, Сэм находит единственного выжившего охранника лабораторий, который успел сфотографировать лидера боевой группы. Изучив данные, АНБ установило, что "Жертвенный Пингвин" - американский агент Норман Сот, который как раз находится в пути на скоростном поезде "Париж - Ница". Сэм незаметно проникает в экспресс, находит предполагаемого главаря террористов и допрашивает его. Но разговор неожиданно прерывает звонок, на который Сот отвечает и из которого становится ясно, что он - двойной агент и работает вместе с Сухади Садоно. Сот осознает, что раскрыт, и пытается устранить Фишера, но тот, предварительно взломав ноутбук "Жертвенного Пингвина", быстро сходит с поезда при помощи вертолета АНБ.
Ноутбук Сота указал на его связь с группой сирийских террористов, базирующихся в Иерусалиме. Также АНБ стало известно, что то, ради чего Сот ворвался в "Солнье Криогеникс", он недавно передал им. Так что Сэма перебрасывают в Израиль и там он, при помощи агента местной разведки "Шин Бет" Дахлии Тал, выходит на подземное логово террористов. Но вскоре Дахлия предает Сэма, и тот вынужден ее застрелить, чтобы потом чудом избжать ловушки сирийцев, добыть информацию и покинуть Иерусалим живым. В ходе миссии устанавливается, что в Париже Сот был, чтобы забрать изобретение ученых "Солнье", которое позволяло безопасную транспортировку разработанного сирийскими террористами штамма оспы. Этот вирус является своеобразной "страховкой" для Садоно, чье восстание Сот использует, чтобы отомстить США за нанесенные в прошлом обиды. Осознав размах этого плана, АНБ отправляет Сэма в лагерь повстанцев в джунглиях Индонезии, чтобы понять, как именно работает "страховка". Выясняется, что каждый вечер Садоно делает звонок, который через сервер на тайной подводной лодке у о. Комодо передается по всем местам хранения вируса на территории США. И, пока эти места не определены и все штаммы не обезврежены, уничтожение или захват Садоно невозможно.
Впрочем, побывав на вышеозначенной подводной лодке, Сэм передает в АНБ информацию обо всех возможных точках хранения вируса, которые позже нейтрализуются агентами подразделения Shadownet. Теперь настало время заняться лидерами этого заговора. Вначале Сэмпроникает на захваченный индонезийский телецентр, где Садоно собирается выступить с обращением к якобы бкспомощным США. Но, до того, как ему удается это сделать, Фишер перебивает всех людей в студии и хватает Садоно, чтобы позже передать его американским военным. Сот в это время готовится к отчаянному удару по Лос Анджелесскому аэропорту LAX, планируя распылить вирус через систему вентиляции. Но Фишер успевает как раз вовремя, чтобы остановить террориста, нейтрализовать его помощников и остановить таймер. Угроза миновала, Сэм уходит из здания аэропорта навстречу закату.
